Музей располагается в мемориальной квартире, в которой художник прожил последние 30 лет своей жизни (1903-1933), где он писал картины и научные доклады. В собрании музея хранятся личные вещи, живописные работы и архивы художника. Благодаря сохранившейся обстановке, квартира передает атмосферу жизни и быта московской творческой интеллигенции начала ХХ века. Здесь часто проходили творческие вечера и дружеские встречи, в гостях у Аполлинария Михайловича часто бывали известные художники, артисты, музыканты, ученые - К.А.Тимирязев, И.А.Бунин, В.А.Гиляровский, М.В.Нестеров, брат художника В.М.Васнецов, К.А.Коровин, в гостиной не раз выступал Ф.И.Шаляпин.

Аполлинарий Васнецов известен как «певец старой Москвы», но было в жизни художника еще одно увлечение — мебель. Художник считал, что чувство прекрасного в человеке воспитывается через внешнюю среду: красота архитектуры, интерьеров и окружающей среды в целом приучают человека к гармоническим сочетаниям красок, красивым формам. В музее-квартире Аполлинария Васнецова собрана коллекция мебели в русском стиле. Ее история связана с тремя столярными мастерскими: Абрамцевской, Кустарного музея Московского губернского земства и Столярной мастерской Московского губернского земства в Сергиевом посаде.