Музей истории евреев в России стремится реконструировать целостную картину еврейской жизни на территории Российской империи и СССР во всем многообразии её культурных, социальных и политических форм.

В коллекции музея представлены все еврейские религиозные и субэтнические группы — не только восточноевропейские ашкеназы, но и грузинские, горские и бухарские евреи, а также караимы и русские сектанты, принявшие иудаизм (геры и Субботники). Имеющиеся в музее материалы отражают особенности их быта и культуры, а также своеобразие их исторического развития.